Tunja topographic map
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Según la clasificación de Köppen, Tunja posee un clima de tipo templado ecuatorial Csbi: templado y frío de alta montaña. Al igual que todas las regiones de la Zona Intertropical, el clima está influenciado solamente por la altitud, precipitaciones (lluvias) y las corrientes oceánicas que causan leves variaciones de temperatura, la más significativas entre el día y la noche como se puede observar en la siguiente tabla. La temperatura promedio anual es de 12,7 grados.